习惯性流产病因复杂繁多，因此在治疗上也要在找准病因的情况下进行治疗，这样才能有好的治疗效果。
首先染色体异常性流产指夫妻双方或一方或胚胎染色体异常所致的流产。因此染色体检查是习惯性流产必须的检查项目，若能获取流产的胚胎，还需对胚胎进行染色体的检查。因为某些胚胎染色体异常其父母的染色体可能正常。
习惯性流产的原因有染色体异常者应根据异常的种类判断能否再妊娠，若能再妊娠也应做产前诊断以确保优生优育。
生殖道解剖异常包括子宫先天发育异常和后天子宫疾病所致的子宫异常，内分泌功能是失调常见的有黄体功能不足，高泌乳素血症，此类不孕病因的流产需在孕前诊断及针对性地治疗后方受孕为好，一经确诊妊娠后继续给予黄体支持直至孕三月。
生殖道感染：主要指各类细菌感染，弓形虫，巨细胞病毒，单纯疱疹病毒感染。这些感染有可能通过胎盘屏障传给胎儿导致胎儿感染死亡或畸形。需要在孕前治愈后方受孕以避免妊娠后不得以的引产所带来的创伤。
我们知道习惯性流产的原因并不是单一的，因此要全面和综合的进行治疗是有必要的，并且同时要注意多补充一些适量的多种维生素。
