生殖道衣原体感染的诊断需要依靠性接触史、临床表现和化验检查结果。当有典型的尿道炎、宫颈炎症状时，诊断不难。但由于无症状感染多见，化验检查显得十分重要。
通过化验可以确定病因，从而针对病因进行治疗，并有助于对病人的性伴作治疗以防止进一步传播;还可发现无症状感染者，有助于消除传染源;在女病人中检查并治疗衣原体感染将能防止异位妊娠或不育的发生。
衣原体在受感染细胞内发育繁殖 , 仅感染粘膜上皮细胞如颈管柱状上皮细胞。感染方式以性传播为主 , 其次是手、眼、病人污染的衣物器皿等。
诊断标准
衣原体细胞培养：对沙眼衣原体敏感的细胞株为McCoy细胞、Hela-229细胞和BHK细胞，最常用的是经放线菌酮处理的单层McCoy细胞，孵育后，用单克隆荧光抗体染色，可迅速诊断，但操作人员一定要熟练，需专业培养。培养法的敏感性为80%-90%，阳性即可确立诊断。
近年来采用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体，来检测细胞涂片中的衣原体，使用较为方便，目前主要用衣原体外膜蛋白(MOMP)的单克隆抗体的商品试剂。结果判断：衣原体数>10个才能判为阳性。
诊断沙眼衣原体感染的化验检查方法包括标本涂片染色显微镜检查、衣原体培养法、衣原体抗原检测、DNA检测及PCR检测。涂片检查是一种简便、价廉的诊断方法，可用于新生儿眼结膜刮片的检查，但它不适宜用于生殖道沙眼衣原体感染的诊断，因为在这种情况下，它的敏感性和特异性均极低。
衣原体培养是目前检测沙眼衣原体感染最为敏感和特异的方法，敏感性为70%～95%，可用作确证试验和治疗后的判愈试验，但实验室条件要求高，价格昂贵。抗原检测法诊断沙眼衣原体感染的敏感性为70%～90%，特异性为83%～99%，快速，价廉，操作简便，但对于实验人员的技术水平要求较高。PCR诊断生殖道沙眼衣原体感染的敏感性高于培养法，特异性可达99%～100%，但检测条件和操作人员的水平要求高，容易导致出现假阳性结果，仅适合在高级别医院或机构开展。
